Božidar Magovac objašnjavao je svoj odlazak u partizane 1943. ne samo potrebom borbe protiv ustaškoga režima i okupatora nego i pokušajem da spriječi opasnost da KPJ nametne svoju neograničenu vlast. Sudjelovanjem u partizanima htio je izboriti ravnopravno mjesto za HSS.
Zapravo je Magovac, suprotno svojim namjerama, pripomogao stvaranju novoga vodstva stranke, koje je imalo pretenzije preuzeti HSS u svoje ruke. Neko je vrijeme odolijevao pritisku da osudi Mačeka za izdaju, ali nakon što je u ožujku 1944. javno odbacio Mačeka i dalje je inzistirao na autonomiji IO-a HSS-a. U proljeće i ljeto 1944. Magovac je smijenjen sa svih stranačkih i državničkih dužnosti, s položaja potpredsjednika NKOJ-a, a IO HSS-a preuzeli su prokomunistički orijentirani otpadnici HSS-a.
Formalno gledajući Magovac je kao potpredsjednik Nacionalnoga komiteta oslobođenja Jugoslavije (NKOJ) bio trećerangirani Hrvat u partizanskomu pokretu, nakon Ivana Ribara, predsjednika AVNOJ-a, i Josipa Broza Tita, predsjednika NKOJ-a. Komunisti su se najviše bojali upravo takvih nekompromitiranih oporbenih političara koji bi se od ratnoga saveznika mogli pretvoriti u poslijeratnoga konkurenta. Upozoravali su na opasnost da će oni razbiti jedinstvo NOB-a, a zapravo su se bojali da će omesti uspostavu potpune vlasti KPJ-a. Međutim sve dok su politički saveznici djelovali pod komunističkim uvjetima, bili su tolerirani.
Kada se nazirao kraj rata i pobjeda KPJ-a, mnogi su komunistički saveznici odbačeni i tretirani kao izdajice. Ipak Magovac je i nakon rata odlučio politički djelovati. Mislio je da će KPJ biti prisiljen prihvatiti njegovu suradnju kako bi s njegovom i pomoću Šubašića dobio podršku hrvatskoga naroda i popravio tešku političku i gospodarsku situaciju u zemlji kako zbog ratnih razaranja tako i zbog revolucionarnoga terora i radikalnih gospodarskih reformi.
Magovac je bio uvjeren da je rat zapadnih sila sa SSSR-om neizbježan, pa je stoga bilo potrebno da u presudnim trenutcima osim komunista i HSS bude na vlasti. Računao je na pobjedu SAD-a i Velike Britanije. Zamišljao je da će tada uz Šubašićevu pomoć preuzeti vlast u svoje ruke i predati je Mačeku. Dakle i 1946, kao i 1943, Magovac sebe zamišlja kao prethodnicu HSS-a.
Inzistirao je na obnovi pregovora s KPJ-om i da HSS, za razliku od izbora za Ustavotvornu skupštinu FNRJ-a, iziđe na izbore za Ustavotvorni sabor NRH-a. Zapravo želio je da umjesto HSS-a, koji nije bio prihvatljiv KPJ-u, na izborima sudjeluju samo njegovi istaknuti pojedinci. S tim ciljem Magovac je 5. listopada 1946. sastavio Nacrt u kojemu je izložio svoje temeljne postavke. Zahtijevao je da se poštuju Ustavom zajamčene građanske slobode, parlamentarna i demokratska prava da bi se, kako je to uvijeno prikazao, spriječio građanski rat.
Šubašić je s Magovčevim Nacrtom u listopadu 1946. otišao kod Bakarića i Krajačića, članova hrvatske vlade i Politbiroa CK-a KPH-a. No oni su odlučno odbacili mogućnost da utjecajni članovi HSS-a izađu na izbore.
Početkom 1947. CK KPJ odlučio je da se poduzmu oštrije mjere protiv haesesovaca. Slijedila su uhićenja i sudski procesi protiv nekih njegovih prvaka. No to nije demoraliziralo Magovca i Šubašića. U srpnju 1947. pokrenuli su novu inicijativu. Htjeli su komunistima predložiti da Šubašić postane „predsjednik Prezidijuma“ Sabora ili „premijer Hrvatske“, a Magovac ministar savezne vlade, da se proglasi politička amnestija, abolicija, ukine smrtna kazna, prestane državno nasilje i da se organiziraju slobodni izbori.
Međutim Magovac je uhićen u kolovozu 1947, čime je za duže vrijeme završila svaka ozbiljnija oporbena djelatnost u Hrvatskoj.