Komunistička vlast na čelu s Josipom Brozom Titom pokušavala je djelovati na crkvenu vlast u Jugoslaviji da oslabi veze sa Svetom Stolicom i formira „narodnu crkvu“ pod nadzorom nove vlasti. Tome se najviše protivio nadbiskup zagrebački i predsjednik Biskupske konferencije Jugoslavije, Alojzije Stepinac. Ostali biskupi su ga u pravilu podržavali, iako je bilo i onih koji su bili spremni na veću suradnju s vlastima, ali da ostanu odani Svetoj Stolici. Nakon što su svi biskupi potpisali Pastirsko pismo u rujnu 1945. u kojemu oštro osuđuju postupke nove vlasti, komunistička vlast odustala je od taktiziranja i krenula u otvoreni obračun s Katoličkom crkvom. Pojačana su već ranije započeta uhićenja svećenika, gušenje vjerskoga tiska, oduzimanje crkvene imovine, ograničavanja vjeronauka i zatvaranja vjerskih škola.
Vrhunac udara komunističkih vlasti na Katoličku crkvu bilo je suđenje nadbiskupu Stepincu 1946. godine. Zatvaranjem nadbiskupa Stepinca vlast ipak nije uspjela staviti Katoličku crkvu pod nadzor, a izazvala je još veću netrpeljivost velikoga dijela hrvatskoga naroda prema jugoslavenskoj komunističkoj vlasti.
U vrijeme sukoba jugoslavenske vlasti sa SSSR-om došlo je do prividnoga zatišja u crkveno-državnim sukobima. Posljednji pokušaj da se razbije jedinstvo Katoličke crkve bilo je osnivanje staleških svećeničkih udruženja. Udruženja, u koja su neki svećenici ulazili pod prijetnjom ili pak prihvaćajući društvene povlastice, trebala su razbiti jedinstvo Katoličke crkve, oslabiti crkvenu vlast i stvoriti temelj za takozvanu „narodnu crkvu“. Akcija je imala određeni uspjeh u Bosni i Hercegovini i Sloveniji, dok je u Hrvatskoj doživjela potpuni neuspjeh. S obzirom na to da su biskupi uz podršku Svete Stolice zabranili svećenstvu članstvo u udruženjima, dodatno su se zaoštrili državno-crkveni odnosi. Nakon što je Sveta Stolica imenovala nadbiskupa Stepinca kardinalom, Jugoslavija je prekinula diplomatske odnose sa Svetom Stolicom 1952.
Iako je jugoslavenska vlada i dalje uporno nastavila djelovati s ciljem razbijanja crkvenoga jedinstva koristeći se staleškim svećeničkim udruženjima i materijalnim slabljenjem Crkve (prije svega nacionalizacijom crkvenih zgrada i građevinskoga zemljišta), s vremenom je nastojala poboljšati odnose s Katoličkom crkvom. Shvatila je da represivna politika prema Crkvi ne donosi pozitivne rezultate. Zakonom o pravnomu položaju vjerskih zajednica 1953. zajamčena su vjerska prava, ali u praksi odnos prema Crkvi nije se bitno promijenilo.
Kardinala Stepinca je nakon njegove smrti 1960. naslijedio nadbiskup Franjo Šeper, koji je prihvatio razgovore s predstavnicima vlade, ali nije odstupao od stajališta kardinala Stepinca, Biskupske konferencije i Svete Stolice. Stepinčevu smrt vlasti su iskoristile kao izgovor za promjenu politike prema Crkvi, ističući da su raniji loši odnosi bili uzrokovani njegovim stavom. Međutim željama jugoslavenske vlade da normalizira odnose s Katoličkom crkvom pogodovale su i promjene u politici same Crkve. Drugi vatikanski koncil, održan od 1962. do 1965, otvorio je Katoličku crkvu za dijalog s ateistima i ateističkim društvima. Ta je promjena olakšala pregovore između jugoslavenske vlade i Svete Stolice, pa je 1966. godine potpisan Protokol o normalizaciji njihovih odnosa. Sveta Stolica nadala se da će tako olakšati položaj Katoličku crkve u Jugoslaviji i otvoriti dijalog i s ostalim komunističkim vlastima na istoku Europe.
Nakon Protokola, politika državnih vlasti prema Katoličkoj crkvi nešto je ublažena, posebice dozvolama za gradnju novih crkava i popustljivijem odnosu prema katoličkomu tisku. Izbjegavani su novi konflikti, pa je jugoslavenska vlada odustala čak od sudskoga progona Krunoslava Draganovića, nakon njegovoga zagonetnog povratka u zemlju 1967. Draganović je bio jedan od najaktivnijih svećenika u hrvatskomu iseljeništvu u protujugoslavenskoj djelatnosti.