Dostojanstvenici Katoličke crkve u početku su s nadom primili uspostavu NDH-a, pa je u okružnici zagrebački nadbiskup Alojzije Stepinac svojemu kleru od 28. travnja 1941. istaknuo kako je dao „prinos narodnom veselju i zanosu“ zbog proglašenja nove države te kako nitko „pametan toga osuditi ne može i nitko pošten toga zamjeriti ne može, jer je ljubav prema vlastitom narodu Božjim prstom upisana u ljudsko biće i Božja zapovijed!“. Istovremeno je i upozorio „da sveti zanos i plemenito oduševljenje u izgrađivanju temelja mlade Države Hrvatske bude nadahnut strahom Božjim i ljubavlju za Božji zakon i njegove zapovijedi, jer će samo na Božjem zakonu, a ne na lažnim načelima ovoga svijeta Država Hrvatska moći biti izgrađena na čvrstom temelju“.
Nova država i nova vlast bili su činjenica koju Crkva nije mogla ignorirati pa ipak je zbog doticaja koje je tijekom rata imao s vlastima NDH-a nadbiskup Stepinac na montiranomu političkom procesu u jesen 1946. optužen kao neprijatelj države i „narodnih vlasti“. U stvarnosti su se Stepinac i ostali crkveni poglavari u novoj državi mogli osloniti na katoličku tradiciju razlikovanja države i vlasti koja njome trenutno upravlja, a u konkretnomu slučaju unatoč svakovrsnoj prisutnosti njezinih njemačkih i talijanskih „velikih saveznika“ to su bile vlasti NDH-a.
Problemi s kojima su se suočavali Stepinac i ostali biskupi bili su brojni. Uspostavi totalitarne vlasti poglavnika Pavelića i vladajućega Ustaškog pokreta koju je pratila i njemačko-talijanska vojna i svaka druga prisutnost ubrzo su se pridružili i masovni progoni čitavih skupina stanovništva prvenstveno Židova i Srba te građanski rat koji je u NDH-u bjesnio od ljeta 1941. godine. Pritom su katolički biskupi i Crkva općenito morali brinuti i za vlastite vjernike pa i za sam opstanak Crkve, a suočili su se i s odnosom prema progonjenima druge vjere i narodnosti. Prema tome njihov je odnos prema vlastima Nezavisne Države Hrvatske i njihovomu njemačkom savezniku umnogome ovisio o razvoju prilika, ali i o području na kojemu su djelovali pojedini biskupi i svećenici. Pritom dostupni izvori upućuju na obostrano nepovjerenje pa i na neprijateljsko stajalište njemačkih predstavnika prema barem dijelu Crkve i njezinih poglavara, a u prvom redu prema nadbiskupu Stepincu kojega su još i prije izbijanja rata označili protunjemački raspoloženim.
Većina katoličkih biskupa i svećenstva u NDH-u nije mogla blagonaklono gledati na postupke vlasti NDH-a iako je željela hrvatsku državu u kojoj bi Katolička crkva slobodno djelovala u skladu sa svojim poslanjem. Prema tome početno odobravanje uspostave Nezavisne Države Hrvatske u nekih godinu dana njezina postojanja od njezinih vlasti udaljilo je izrazitu većinu biskupa i svećenika te redovnika. Pritom su brojni svećenici i redovnici učinili mnogo za spašavanje onih koje su vlasti NDH-a progonile zbog njihove vjerske i narodnosne pripadnosti. Među mnogim slučajevima treba istaknuti sustavno spašavanje čak tristo devet Židova u bolnici sestara milosrdnica u Vinogradskoj ulici u Zagrebu u što je osim časnih sestara bio izravno uključen i nadbiskup Stepinac.
Ipak bilo je svećenika i redovnika koji su unatoč stajalištu vodećih osoba Crkve poput nadbiskupa Stepinca sve do kraja rata izričito podupirali vlasti NDH-a i Ustaški pokret. Ovi su se nastojali prikazati blagonaklonim Crkvi, što je kod nekih svećenika i redovnika moglo izazvati dojam o tome kako je NDH država koja potpuno poštuje prava i poslanje Crkve te kako je nakon protukatoličke Jugoslavije došla država kojoj su na čelu katolici po vjeri i Hrvati po narodnosti.
Ne treba smetnuti s uma kako se rasplamsavanjem građanskoga rata na području NDH-a postavilo i pitanje odnosa prema ostalim domaćim ratujućim stranama, a prvenstveno prema partizanskomu i četničkomu pokretu te njihovim političkim i ideološkim koncepcijama.