Ustaški režim u NDH-u, po uzoru na nacističku Njemačku, uveo je „rasno“ zakonodavstvo usmjereno protiv Židova. Židovi su nizom mjera diskriminirani i obespravljeni, a zatim su započele njihove deportacije u različite logore. Do ljeta 1941. djelovao je kompleks logora Gospić-Jadovno-Pag gdje su deportirani i ubijeni brojni Židovi iz različitih dijelova NDH-a. Nakon ukidanja navedenih logora nastavila su se deportiranja u logore Jasenovac i Stara Gradiška, gdje je najveći broj njih ubijen ili je preminuo zbog maltretiranja i izuzetno teških uvjeta života. Dio Židova iz NDH-a tijekom 1942. i 1943. deportiran je u njemački logor Auschwitz, gdje su izgubili živote. Tako je u NDH-u proveden Holokaust nad židovskom zajednicom. Manji dio Židova uspio je izbjeći ovakvu sudbinu bježeći na razne načine od progona. Talijanske vlasti imale su blaži odnos prema Židovima. Zato je dio židovskoga stanovništva u NDH-u bježao na dijelove njegova teritorija koji su bili pod nadzorom talijanske vojske ili u dijelove Dalmacije koje su Talijani anektirali. Dio njih uspio je prijeći u Italiju i tako se spasiti.
Vlasti NDH-a svojim „rasnim“ zakonodavstvom obuhvatili su i Rome. Zatim je, uglavnom sredinom 1942. godine, na tisuće Roma iz različitih dijelova NDH-a deportirano u Jasenovac, gdje su ubijeni.
U okviru novih granica NDH-a živjelo je brojno srpsko stanovništvo. Ustaše su Srbe smatrali glavnim protivnicima koji su za vrijeme bivše Jugoslavije ukinuli hrvatsku državnost i ugnjetavali hrvatski narod. Vlasti su stoga poduzele niz radikalnih protusrpskih mjera. Ukinut je naziv „srpska-pravoslavna vjera“ i Srbi su nazivani „grko-istočnjacima“, u nekim slučajevima i „bivšim Srbima“. Oštar je bio udar na Srpsku pravoslavnu crkvu (SPC) – najveći dio pravoslavnih svećenika iseljen je iz NDH-a u Srbiju, a dio je ubijen. Također su u sabirne logore deportirani te u njima ubijeni i mnogi Srbi.
Vlasti NDH-a s njemačkim predstavnicima dogovorile su da se dio srpskoga stanovništva iz NDH-a iseli u Srbiju, a da se iz dijelova slovenskih zemalja – koje je Njemački Reich anektirao nakon sloma Jugoslavije – dio Slovenaca doseli u NDH. Budući da je u ljeto 1941. u Srbiji izbio ustanak protiv Nijemaca, ovaj plan preseljenja nije proveden kako je planirano. Procjenjuje se da je u Srbiju iseljeno ili pobjeglo oko dvjesto tisuća Srba iz NDH-a.
Tijekom prvih mjeseci postojanja NDH-a ustaše su u različitim dijelovima nove države, posebno u Baniji, Kordunu, Lici i Bosni, ubijali srpsko stanovništvo. To je u ljeto 1941. dovelo do masovnoga ustanka Srba, a ustanički pokret postupno se podijelio na partizansku vojsku pod vodstvom komunista i četnike koji su bili vjerni Kraljevini Jugoslaviji.
Od jeseni 1941. vlasti NDH-a provodile su politiku vjerskih prijelaza među srpskim stanovništvom. Prelaskom na rimokatoličku ili druge priznate vjere, primjerice islamsku, to stanovništvo trebalo je postati „hrvatsko“ i time je formalno izjednačeno s drugim hrvatskim državljanima. U strahu za svoju egzistenciju, brojni Srbi izvršili su ovakve vjerske prijelaze. Politika vjerskih prijelaza okončana je u proljeće 1942. kada su vlasti NDH-a osnovale novu Hrvatsku pravoslavnu crkvu (HPC) koja je trebala okupiti pravoslavno stanovništvo.
U međuvremenu borbe snaga NDH-a protiv partizana tijekom 1942. vodile su do novih stradanja jer su snage NDH-a ubijale srpske civile koji su surađivali s partizanima ili su ih deportirale u koncentracijske logore Jasenovac i Stara Gradiška.
Četnici su postupno obustavili borbe protiv osovinskih snaga te su s njima surađivali u borbi protiv partizana. Također su u različitim dijelovima NDH-a, primjerice u istočnoj Bosni, kao i u Dalmaciji, izvršili brojna nasilja nad muslimanskim i hrvatskim stanovništvom.
Partizanska vojska pod vodstvom komunista težila je zadobiti pristaše među svim narodima i u njezine redove postupno su pristupali i brojni Hrvati, a u Bosni i Hercegovini i muslimani. Partizani su naglašavali da su protiv „bratoubilačkoga rata“, a za „bratstvo i jedinstvo“ među narodima. S druge strane partizani su ubijali one koje su smatrali „narodnim neprijateljima“ i „slugama okupatora“, a masovan obračun te vrste primijenit će na samomu kraju rata i u neposrednomu poraću, tijekom revolucionarnoga preuzimanja vlasti.